Перенос будем выполнять с помощью webmina (установку смотрите тут) - я им пользуюсь давно , он бесплатный и в нем есть модуль работы с MySQL. ВНИМАНИЕ!! префиксы таблиц xxx_users должны быть разные, наша цель не заменить таблицу а перелить данные.

     Итак поехали, открываем webmin - ом сайт с которого надо перенести пользователей и сделаем бакап таблицы. Переходим Службы -> Сервер баз данных MySql -> ваша база , выбираем таблицу !?! users

резервирование базы данных http://sys.lion-home.ru

и нажимаем кнопку Резервирование базы данных перед нами появится окно

Резеовирование таблицы базы данных http://sys.lion-home.ru     Надо выбрать файл, Selected tables .. и отметить таблицу см.картинку выше. Далее нажмите кнопку Сделать копию сейчас.

    Ну вот файл получили, этот webmin закрываем и открываем webmin с сайтом на который надо загрузить пользователей. Переходим Службы -> Сервер баз данных MySql -> ваша база , выбираем таблицу !?! users, нажимаем кнопку Исполнить SQL -> выбираем вкладку Run SQL from file/

Востановление таблици из бакапа http://sys.lion-home.ru     Из локального файла (который вы переместили с сервера на сервер я пользуюсь прогой WinSCP) мы восстановим таблицу на наш сайт обратите внимание на пункт Character set for date там должно быть UTF-8 иначе русские имена пользователей будут выглядеть так ??????????. Жмите кнопку Исполнить.

     Переходим Службы -> Сервер баз данных MySql -> ваша база , выбираем таблицу !?! users, нажимаем кнопку Исполнить SQL -> выбираем вкладку Execute SQL в окно исполняемого кода копипастим такой код

INSERT INTO xxx_users(id, name, username, email, password, block,
                        sendEmail,registerDate, lastvisitDate, activation,
                        params, lastResetTime, resetCount, otpKey, otep, requireReset)
SELECT id, name, username, email, password, block, sendEmail, registerDate,
    lastvisitDate, activation, params, lastResetTime, resetCount, otpKey, otep, requireReset  FROM xxx_users

(вы его поправили надеюсь для ваших нужд ..... имя таблицы имена колонок).

Перенос данных из таблицы в таблицу http://sys.lion-home.ru    

     Обратите внимание на пункт Character set for data - помните UTF-8 . Все готово , жмем кнопку Исполнить. Если все сделали по инструкции то получите примерно следующее.

Загруженные пользователи в Joomla http://sys.lion-home.ru

     Как мы видим из за не совпадения айдишников Групп они не перенеслись, выбираем галками таких пользователей, жмем кнопку Пакетная обработка, выбираем группу - Назначить группу - Выполнить.

Вот так, можно перенести пользователей. Удачи.