Порой нет желания сносить весь пакет, либо присутствуют какие то настройки, но очень надо обновиться. PHP можно обновить, попробую накидать схему, итак.

     Сначала посмотрим какая у нас версия, выполним команду:

php -v

Вывод должен быть что-то вроде:

PHP 5.3.3 (cli) (built: Jul 10 2016 12:20:00)
Copyright (c) 1997-2010 The PHP Group
Zend Engine v2.3.0, Copyright (c) 1998-2010 Zend Technologies

PHP 5.3, теперь можно двигаться дальше, ставить будем из репы Remi , для этого установим его и еще Epel если у вас его нет

epel
wget https://dl.fedoraproject.org/pub/epel/epel-release-latest-6.noarch.rpm && rpm -Uvh epel-release-latest-6.noarch.rpm

remi
wget http://rpms.famillecollet.com/enterprise/remi-release-6.rpm && rpm -Uvh remi-release-6*.rpm

Для включения репозитория REMI на глобальном уровне:

nano /etc/yum.repos.d/remi.repo

В разделе, который выглядит как [Remi] внесите следующие изменения:

[remi]
name=Remi's RPM repository for Enterprise Linux 6 - $basearch
#baseurl=http://rpms.remirepo.net/enterprise/6/remi/$basearch/
mirrorlist=http://rpms.remirepo.net/enterprise/6/remi/mirror
enabled=1
gpgcheck=1
gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-remi>

Кроме того, в разделе, который выглядит как [Remi-php56] внесите следующие изменения:

[remi-php56]
name=Remi's PHP 5.6 RPM repository for Enterprise Linux 6 - $basearch
#baseurl=http://rpms.remirepo.net/enterprise/6/php56/$basearch/

mirrorlist=http://rpms.remirepo.net/enterprise/6/php56/mirror
# WARNING: If you enable this repository, you must also enable "remi"
enabled=1
gpgcheck=1
gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-remi>

Введите CTRL-O, чтобы сохранить и CTRL-X, чтобы закрыть редактор

Теперь мы можем обновить PHP 5.3 на PHP 5.6. Простой командой:

yum -y upgrade php*

После завершения обновления, убедитесь, что у вас PHP 5.6 установился:

php -v

Вывод, должен быть аналогичен следующему:

PHP 5.6.14 (cli) (built: Sep 30 2015 14:07:43)
Copyright (c) 1997-2015 The PHP Group
Zend Engine v2.6.0, Copyright (c) 1998-2015 Zend Technologies

Вот так.